El lago también es hogar de una gran variedad de especies como tucanes, guacamayos, loros, garzas, tapires, tortugas y refugio de la nutria de río y el lagarto negro, ambos en peligro de extinción. En los alrededores del lago Valencia, a 60 km de Puerto Maldonado por el río Madre de Dios, viven diversas comunidades nativas dedicadas a la pesca de doncellas, dorados y paiches y es también hábitat de una variedad de especies de flora y fauna.

El Parque Nacional del Manu (1 716.295 ha), ubicado en los departamentos de Cusco y Madre de Dios, alberga más de 800 especies de aves, 200 especies de mamíferos, árboles gigantescos y es también hogar de comunidades nativas. Es en este Parque se mantiene actualmente el record de avistamiento de aves en un solo día y en un solo lugar, con 324 especies.

La Reserva Nacional Tambopata-Candamo (274.690 ha) es conocida por poseer la mayor diversidad de especies de mamíferos, árboles, insectos y aves del mundo y tiene el récord mundial en cantidad de especies de mariposas. En el Parque Nacional Bahuaja-Sonene (1.091.416 ha) se encuentra la única sabana húmeda tropical existente en el Perú. Destacan el lobo de crin y el ciervo de los pantanos, especies en peligro de extinción, así como el oso hormiguero gigante, la nutria gigante, el perro de monte, el lagarto negro y el águila arpía.

Puerto Maldonado y Tambopata

Colpa de Guacamayos de Colorado - Dentro de la Reserva Nacional de Tambopata y a 150 km de la ciudad de Puerto Maldonado (12 horas en bote).
La colpa es un punto de reunión de guacamayos formada en las riberas del río gracias a los procesos de erosión del mismo que permitieron el surgimiento de suelos ricos en sales minerales. Mide alrededor de 50 m de alto y 500 m de largo, por lo cual es considerada la más grande de la Amazonía peruana. Todas las mañanas se encuentran allí seis diferentes especies de guacamayos, loros y pericos. Estas coloridas aves revolotean alrededor de la colpa antes de iniciar la ceremonia del “colpeo” que consiste en ingerir la arcilla que se encuentra en el barranco, la misma que les sirve como complemento alimenticio. Luego de permanecer allí entre 25 y 30 minutos se alejan para regresar al día siguiente. Ocasionalmente, acuden también sachavacas, ronsocos y ardillas. En las copas de los árboles pueden observarse también diversas especies de monos como el coto mono, el capuchino, el tití, y en algunas oportunidades hasta maquisapas.

Lago Sandoval
A 10 km de la ciudad de Puerto Maldonado (25 minutos en bote de 55 HP). Para llegar al lago se deben recorrer 5 km desde la orilla del río hacia adentro (1 hora 30 minutos a pie).
Tiene alrededor de 3 km de longitud, 1 km de ancho y una profundidad de entre 0,5 cm a 3 metros. Sus aguas tienen una temperatura promedio de 26ºC (78,8ºF) y poseen una gran riqueza ictiológica. Está rodeado de extensos aguajales que son zonas pantanosas donde crece una palmera del lugar llamada aguaje, entre otras especies exóticas. Dentro de la flora circundante pueden observarse orquídeas, platanillos (pico de loro), ungurahuis, lupunas, caobas y palmeras mauritias de hasta 30 metros de alto.

En este hábitat vive una gran variedad de aves como los cormoranes, tucanes, guacamayos, loros, camungos y garzas, además de una colorida especie de gallina salvaje llamada "hoacín" o "shansho" cuya cabeza ostenta un moño de plumas. Con suerte pueden observarse también tapires, tortugas y nutrias o "lobos de río" así como diversas especies de lagartos, entre ellas el lagarto negro.

Lago Valencia
A 60 km de la ciudad de Puerto Maldonado (4 horas en bote de 55 HP) .
El lago tiene 15 km de largo, 800 metros de ancho y entre 0,5 y 15 metros de profundidad y resulta un lugar privilegiado por la presencia de árboles y peces.
  A su alrededor se encuentran árboles como el pumaquiro, la quinilla, el cedro, la lupuna, el palmito y la castaña. Entre su fauna destacan pavos de monte, tortugas (charapas y motelos), lagartos, monos, cormoranes y garzas, entre otros.

La riqueza de sus aguas permite que tanto los pobladores nativos huarayos como los colonos asentados en las proximidades se dediquen a la pesca de doncellas, palometas, dorados, pirañas y paiches, éstos últimos sin embargo, no son una especie nativa sino que fueron introducidos en el lago. Junto con la pesca, otra de las actividades económicas más importantes de la zona es la recolección de castañas.

Parque Nacional Bahuaja-Sonene
A 90 km de la ciudad de Puerto Maldonado (4 a 5 horas en bote de 55 HP).
Este parque nacional fue establecido para proteger la única sabana húmeda tropical existente en el Perú. El parque se ubica entre las regiones Madre de Dios y Puno, en las provincias de Tambopata, Carabaya y Sandia. Tiene una extensión de 1'091.416 hectáreas y abarca también a Bolivia. Entre los animales más importantes que pueden encontrarse destacan el lobo de crin, el ciervo de los pantanos, el oso hormiguero gigante, el lobo de río o nutria gigante, el perro de monte, el lagarto negro y el águila arpía.

Reserva Nacional de Tambopata
A 45 km al sur de la ciudad de Puerto Maldonado (2 horas en bote a motor). También se puede llegar tomando una ruta alternativa: se recorren 25 km por tierra (con camioneta 4x4) hasta llegar a la comunidad de Infierno y luego se surca el río hasta la reserva (2 horas en bote a motor de 55 HP).
Ubicada entre las cuencas del río Tambopata y del río Heath, la reserva tiene una extensión de 274.690 ha y abarca las regiones de Madre de Dios y Puno. Cuenta con una incalculable riqueza en biodiversidad, pues se han registrado 632 especies de aves, 1200 de mariposas y 169 de mamíferos, 205 de peces, 103 de anfíbios y 67 de reptiles. Presenta la flora típica de las regiones tropicales. Para ingresar se necesita una autorización previa del INRENA.